На самом деле, определенные изменения произошли еще и в 13-14 сериях. Но они не такие существенные, а 14-ю серию вообще можно рассматривать как альтернативную концовку 1-го сезона.
Crow, уж шибко спойлерно будет изменения излагать. Из принципиальных - изменено позиционирование гомункулов.