Ну, как уже говорилось, проблемы с каноном - по ТОСу с Клингонами мы встретились в космосе и это привело к печальным последствиям. Фазеры тоже только в 23 веке появились и т.д. Правда в конце 4 сезона нам намекнули, что историю путешествия NX-01 попросту перепишут в виду политических соображений (из-за угрозы Терра Прайм тоже), поэтому отчасти проблему канона можно решить. Да и Холодная Временная война что хочешь перепишет. Но ведь многие недовольные сериалом бросили его еще в первых сезонах.
Вторая проблема - это проблема приквелов. В том плане, что нам уже известно, что будет потом, поэтому часть фанатов из принципа отказались смотреть. Во многом, у 11 фильма та же будет проблема, раз он тоже приквел.
Ну и наконец, сюжеты 1-2 сезонов. Они неплохие, но ничего нового там нет - все это мы уже видели в ТНГ и Вояджере. Только в 3 сезоне они придумали интересную историю с Зинди, а в 4 сезоне стали реализовывать положительную сторону приквелов, показав откуда идут большинство сюжетов из мифологии ТОС - генная инженерия и Ромуланская война. Но снова - первые два года никуда не денешь.